L’École française d’Athènes s’inscrit dans les déclinaisons nationales des grands textes internationaux en matière de déontologie de la recherche. Elle a ainsi adopté la Charte française de déontologie des métiers de la recherche (Conseil d’administration du 4 septembre 2020) et a nommé une référente à l’intégrité scientifique (Laurianne Sève, directrice des études pour la section antique et byzantine).
Afin d’assurer le bon fonctionnement et la sécurité du système d’information de l’EFA, la Charte informatique a été révisée est approuvée en Conseil d’administration le 9 mars 2021.
L’École française d’Athènes s’inscrit dans une démarche de science ouverte : sa Charte pour la science ouverte a été approuvée par le Conseil scientifique du 8 mars 2021. L’École a nommé depuis 2020 une référente pour la science ouverte (Marie Stahl, responsable du service des archives), qui représente également l’EFA dans le groupe des référents pour la science ouverte de la CPU.