L’École française d’Athènes remplit une mission de formation en favorisant l’insertion de jeunes chercheurs dans un milieu professionnel international de haut niveau et en leur permettant d’accéder au terrain et à la culture grecque par divers moyens : bourses, séminaires doctoraux, stages sur sites et stages professionnels, contrats doctoraux.

L’EFA recrute en outre chaque année par concours un ou plusieurs membres scientifiques.

Enfin, l’École a mis en place un statut de chercheur résident, dispositif présent dans les cinq Écoles françaises à l’étranger.