L’île de Délos est l’une des plus petites (360 hectares pour environ 5 km de longueur), mais aussi la plus centrale des Cyclades. Délos passait dans l’Antiquité pour être le lieu de naissance d’Apollon et d’Artémis, ce qui lui valut d’accueillir l’un des plus importants sanctuaires du monde grec antique et d’être considérée comme une terre sacrée, sur laquelle il était interdit de naître et de mourir. Après un établissement attesté par les fouilles dès l’Âge du Bronze, l’île devint à partir de la fin du VIII^e s. av. J.-C. un centre de pèlerinage et de commerce important à l’échelle de la mer Égée. L’époque archaïque fut marquée par l’essor du sanctuaire d’Apollon, notamment sous l’impulsion des Naxiens et des Pariens. Les Athéniens affirmèrent leur autorité sur l’île dès la seconde moitié du vi^e s. et durant l’ensemble de l’époque classique. En 478, Athènes choisit Délos comme siège de sa Ligue maritime contre l’Empire perse et y déposa le trésor commun des alliés. Après une brève période d’indépendance des Déliens entre 314 et 167, le Sénat romain rendit l’île aux Athéniens et la déclare port franc. D’un centre de redistribution régional pour les Cyclades, Délos devint ainsi à la fin de l’époque hellénistique une plaque tournante majeure du commerce international de transit. Ce véritable boom économique contribua à l’accroissement d’une population toujours plus cosmopolite, qui y a afflué des quatre coins de la Méditerranée avec ses cultes et ses traditions, et au développement rapide d’une véritable ville champignon. Deux attaques successives en 88 et en 69 av. J.-C. mirent un terme à ce miracle de prospérité et d’échanges culturels. Délos redevint alors une petite agglomération jusqu’à son abandon au VI^e s. apr. J.-C.

Après avoir retenu l’attention de nombreux navigateurs et voyageurs depuis le XV^e s., Délos a été étudiée par deux membres de l’EFA, d’abord par L. Terrier en 1864, puis par A. Lebègue, qui y entreprend les premières fouilles en 1873. Jusqu’à la Première Guerre mondiale, d’importantes fouilles conduites par l’EFA sous les directions de Th. Homolle puis de M. Holleaux dégagèrent une très grande partie de la ville antique, à commencer par le sanctuaire d’Apollon et ses abords, puis des dizaines d’autres sanctuaires, le théâtre, des établissements gymniques, des espaces de commerce, des boutiques, des entrepôts, des infrastructures portuaires et plusieurs quartiers d’habitations. D’autres fouilles plus ponctuelles ont été réalisées durant les cent dernières années par l’EFA et le Service archéologique grec, en particulier dans plusieurs maisons et dans des monuments dégagés précédemment en vue de leur étude et de leur publication. Cette exploration extensive a fait de Délos l’une des villes antiques les mieux connues de l’ensemble du bassin méditerranéen. À ces vestiges bien conservés s’ajoutent d’importantes découvertes de sculptures, de mosaïques, de peintures murales et de matériel archéologique en tout genre, ainsi qu’un corpus d’inscriptions d’une ampleur exceptionnelle. La possibilité de croiser l’apport de l’étude des ruines, du matériel et des textes épigraphiques a érigé l’île en observatoire privilégié pour de multiples sujets d’étude sur l’Antiquité, ainsi les cultes et la topographie sacrée, le fonctionnement des institutions civiques et religieuses, l’agriculture et l’aménagement du territoire rural, les activités artisanales, l’infrastructure commerciale, ou encore l’architecture de la maison grecque et l’équipement domestique pour ne citer que quelques exemples.
En marge de ses travaux à Délos, l’EFA poursuit son partenariat avec l’Éphorie des Cyclades dans le cadre du programme de prospection de l’île voisine de Rhénée, avec une implication plus particulière sur le secteur de la nécropole, où elle a mené des fouilles entre les années 1960 et 1980. D’autres fouilles et recherches ont été conduites par l’EFA dans d’autres îles des Cyclades, notamment dans le sanctuaire de Poséidon et d’Amphitrite à Ténos, ainsi que sur l’acropole de Mélos.