L'École française d'Athènes fait partie du réseau des Écoles françaises à l'étranger, qui regroupe cinq établissements d’enseignement supérieur et de recherche régis par le décret 2011 – 164 du 10 février 2011. Placée sous la tutelle scientifique de l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres, elle est dotée d’un Conseil d’administration et d’un Conseil scientifique et est soumise à un règlement intérieur. Elle dispose d'instances de consultation du personnel, sous la forme d'un Comité technique (CT) et d'un Comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT).