Les Écoles françaises à l’étranger accomplissent des missions de formation, de recherche, de diffusion et de valorisation.
Les Écoles assurent une mission de formation à la recherche. À cette fin, elles accueillent des doctorants et des post-doctorants pour des durées et sous des statuts multiples : membres d’un an renouvelable deux ou trois fois, boursiers d’un mois ou plus, stagiaires pour les fouilles archéologiques, étudiants en séminaire de formation doctorale thématique ou en contrat doctoral avec une université. Elles accueillent aussi en stage professionnel de jeunes conservateurs, archivistes, bibliothécaires, architectes ou topographes, professionnels de l’édition. A tous elles offrent l’opportunité de travailler dans un cadre professionnel international.

Dans les pays où elles sont implantées, les Écoles développent, selon une programmation quinquennale, des missions de recherche dans de nombreux domaines des sciences humaines et sociales : archéologie, histoire de l’art, histoire, sciences religieuses, philologie, anthropologie, ethnologie ou sciences sociales. À ces missions participent les membres, les anciens membres ou des chercheurs associés. Elles disposent de supports d’accueil : membres d’un an renouvelable (EFA. EFR, IFAO, Casa) ou permanent (EFEO), chercheurs résidents d’un mois ou plus, chercheurs sur mobilité internationale CNRS ou européenne  (Programme Marie Sklodowska-Curie). Elles ont la capacité d’héberger les chercheurs à leur siège ou dans des structures installées sur les sites où elles mènent des fouilles archéologiques. Les missions qu’elles accueillent bénéficient d’un environnement administratif, scientifique et technique immédiatement opérationnel.

Les Écoles assurent la diffusion et la valorisation des données qu’elles produisent. Elles publient une centaine de monographies par an, une dizaine de revues spécialisées et de nombreux actes de colloques. Elles organisent dans les pays hôtes et en France des manifestations scientifiques (conférences, expositions, etc.) à destination des spécialistes ou du grand public.

Relevant du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, les Écoles françaises à l’étranger sont régies par un décret commun (2011-164 du 10 février 2011). Elles sont placées sous la tutelle scientifique de l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres ainsi que sous celles de l’Académie des Beaux-Arts pour la section artistique de la Casa et de l’Académie des Sciences Morales et Politiques pour l’École de Rome. Elles sont dotées chacune d’un conseil d’administration et d’un conseil scientifique, ainsi que d’un conseil artistique pour la Casa. Par convention, elles ont créé en janvier 2015 un comité des directeurs avec présidence tournante, instance de réflexion et de proposition du réseau. Depuis 2013, elles sont représentées à la Conférence des Présidents d’Universités.