Institué en 2014, le Fonds de dotation, créé pour le financement de projets ambitieux, reçoit des legs et des dons, ponctuels ou réguliers. En lien avec la Direction de l’École française d’Athènes, il assure le lien entre le mécène et les équipes de recherche tout au long des opérations menées.
Il est actuellement présidé par Jean-Paul Agon.