La direction des études, divisée en deux sections (direction des études antiques et byzantines et direction des études modernes et contemporaines), coordonne un dispositif de recherche, de formation à la recherche, de diffusion et de partenariat scientifique international, poursuivant une tradition d'érudition, de constitution de savoir et de construction d'objets scientifiques à partir de travaux de terrain menés en Grèce et dans le monde hellénique ancien et moderne.

Les directions des études coordonnent la mise en œuvre des programmes scientifiques de l’EFA, qui prennent place en Grèce, le plus souvent en partenariat avec d’autres établissements de recherche et d’enseignement. Elles œuvrent pour l’ouverture du réseau scientifique de l'École vers des partenariats européens et internationaux, en promouvant des programmes collaboratifs et des échanges pérennes.  Les principaux partenaires sont les Universités et Unités de Recherche françaises, les Universités et centres de recherche grecs et européens ainsi que les autorités archéologiques nationales et régionales de la Grèce (voir programmes, manifestations, rapport).
Elles assurent chaque année le suivi scientifique, administratif, budgétaire et logistique d’une centaine de missions de fouille ou d’étude bénéficiant d’un financement direct de l’EFA, en Grèce, en Albanie et à Chypre. Les directeurs des études veillent à ce que chacune s’insère dans l’un des axes scientifiques du programme quinquennal de l’établissement, ou dans l’une des priorités affichées.

Les programmes et missions s’inscrivent dans l’un des cadres suivants :
a) Section antique et byzantine
La programmation quinquennale de la section doit donner aux sites leur place à part entière, tout en favorisant les problématiques transversales ou multi-sites et en développant les politiques documentaires (en particulier la production d’outils numériques). L’activité sur les sites fait l’objet de négociations annuelles ou pluriannuelles avec les responsables de mission, le conseil archéologique central et les autorités locales. Les projets peuvent comporter des opérations de terrain (topographie, géomorphologie, fouilles, restauration, aménagement), des campagnes d’étude pour publication, des séminaires de formation sur site.

b) Section moderne et contemporaine
La programmation s’attache à faire de la section moderne et contemporaine un outil pour comprendre les sociétés de la Grèce et des Balkans. Les programmes pluriannuels sont structurants et s’appuient sur une politique documentaire (en particulier la production d’outils numériques). Les projets peuvent comporter des opérations de terrain, des recherches en archives et des séminaires de formation.

 

Les directeurs des études animent des séminaires de recherche mensuels :

 
Les directions des études contribuent également à bâtir le programme des conférences l'EFA et encadrent l’organisation de plusieurs colloques et journées d'étude chaque année.
 

Les directeurs des études assurent  l’accueil des membres, des boursiers et des doctorants et leur insertion dans le dispositif de la recherche.
Ils supervisent l’ensemble des dispositifs de formation assurés par l’EFA : bourses, stages professionnels et stages de fouille. Ils siègent au concours de recrutement des membres scientifiques de l’EFA et encadrent ensuite les travaux des membres de chacune des sections (section antique et byzantine,  section moderne et contemporaine), en proposant une assistance au montage des opérations de terrain et des colloques. Les membres et boursiers sont incités à présenter leurs travaux scientifiques dans le cadre des Ateliers des jeunes chercheurs de l’EFA, ou d’autres manifestations scientifiques. Les directeurs des études relisent tous les travaux que les membres leur soumettent (manuscrits en vue de leur publication, projets de recherche, dossiers de candidature).
Par ailleurs, ils organisent, co-organisent ou coordonnent les séminaires de formation doctorale qui ont lieu chaque année à Athènes ou dans les maisons de fouille de l'EFA.