L'École française d'Athènes dispose de sept missions archéologiques permanentes : six en Grèce même - à Dikili-Tash, Philippes, Thasos, Delphes, Argos, Délos et Malia (Crète) - et une sur la côté sud-ouest de l’île de Chypre, à Amathonte.

Elle mène par ailleurs d'autres missions sur une vingtaine de sites en Grèce, à Chypre ou en Albanie.