L’École française d’Athènes fait partie du réseau des Écoles françaises à l’étranger, qui regroupe cinq établissements d’enseignement supérieur et de recherche régis par le décret 2011 – 164 du 10 février 2011 modifié par le décret n° 2021-146 du 10 février 2021.
Établies à l’étranger, en Grèce (École française d’Athènes, 1846), en Italie (École française de Rome, 1875), en Égypte (Institut français d’archéologie orientale, Le Caire, 1880), en Asie du Sud-Est (École française d’Extrême-Orient, Paris, 1898) et en Espagne (Casa de Velázquez, Madrid, 1920), ces Écoles remplissent une triple mission de formation, de recherche et de diffusion en sciences humaines et sociales. Elles accueillent des jeunes chercheurs au niveau doctorat ou post-doctorat, s’appuient sur une communauté de chercheurs confirmés, français ou étrangers, et publient une centaine de volumes par an. Elles développent dans les pays d’accueil des réseaux de collaboration et de coopération qui font d’elles des acteurs irremplaçables de la recherche française à l’étranger.
Placées sous la tutelle scientifique de l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres ainsi que sous celles de l’Académie des Beaux-Arts pour la section artistique de la Casa et de l’Académie des Sciences Morales et Politiques pour l’École de Rome, elles sont dotées chacune d’un conseil d’administration et d’un conseil scientifique, ainsi que d’un conseil artistique pour la Casa. Par convention, elles ont créé en janvier 2015 un comité des directeurs avec présidence tournante, instance de réflexion et de proposition du réseau, qui pilote les opérations communes du réseau.